时间过得飞快，转眼间就到了崇祯十二年的九月份。
五月份张献忠复叛的消息传出，杨嗣昌旋即上书朝廷，表示愿意亲自赴前线督师，彻底剿灭农民军。毕竟也是他的锅，必须自己解决。崇祯帝很高兴，立刻批准了他的请求。
崇祯帝对杨嗣昌亲自到前线督师寄与很大期望，认为杨嗣昌文韬武略集于一身，足以胜任，于是对其大加赏赐，还下令杨嗣昌佩以“督师辅臣”银质大印，拨付刚加征的练饷50万两，并赐予尚方宝剑一把，诸将不服从帅令可先斩后奏，便宜行事。
六月初，杨嗣昌拜辞崇祯，匆匆出京赶赴前线。杨嗣昌此番出京督师，首要的打击目标是绰号“黄虎”的“八大王”张献忠，其次才是李自成。
按崇祯旨意，张献忠屡降屡叛，必不可赦，因为他还曾挖掘、捣毁凤阳明祖陵，与朱明宗室有不共戴天之仇。至于其余的“流贼”首领是剿是抚，则由杨嗣昌全权定夺。
杨嗣昌六月底抵达湖广襄阳。他任命实力雄厚的悍将左良玉为大将，颁给“平贼将军”大印，可节制其他各镇总兵官。
左良玉麾下兵多将广，历来骄横跋扈、不听上司调遣，前督师熊文灿就吃过他的亏，被革职召回，他拥兵自重，不愿配合友军作战。
这次杨嗣昌亲自前来督师，左良玉唯恐被下狱问罪，没想到却被破格提拔，他自己也万万没想到。
在也是杨嗣昌聪明之处，善于招徕人心。他虽然位高权重、熟读兵书，但毕竟是个文官，没有带兵实战经验，急需有一个左良玉这样身经百战的武将协助自己建功立业。
左良玉对杨嗣昌不计前嫌，火线擢拔自己可谓感激涕零，暗下决心竭力帮助杨督师大干一场，踏平“流寇”，以报提携大恩。
盘踞谷城的张献忠得知有勇有谋的杨嗣昌亲临荆襄督战，预感到来者不善，必有一场恶战在前。为避开明军锋芒，他率军西退，移师到川陕交界的崇山峻岭中。
杨嗣昌侦知献忠去向后，命左良玉也率军西上，将主力屯扎于兴安，另遣3000精锐进入四川追剿。
崇祯十二年九月上旬，左良玉部官军与张献忠农民军在四川太平县遭遇。见老对手左良玉统兵大举袭来，张献忠抢先率军抢占了制高点玛瑙山，据险坚守。
左良玉则督军猛攻，左良玉派遣投降的农民军头领闯塌天刘国能带领部队假扮成张献忠的运粮队，悄悄地靠近了张献忠的营寨，然后里应外合发动了进攻。
张献忠部寡不敌众，一场恶仗下来，张献忠惨败，丢失了随身带的大刀、金印和虎符，损失了十六员大将，连老婆孩子以及军师潘独鳌、徐以显都被俘虏了。
张献忠带领主力奋力拼杀，总算是突出了重重包围。
玛瑙山之战后，张献忠的精锐主力死伤逃散殆尽，损失惨重，兵力锐减，士气涣散，处境异常险恶。
如果左良玉乘胜紧追不舍的话，张献忠这支陕北农军很可能被他彻底歼灭。但左良玉居功自傲，与督师杨嗣昌生起嫌隙，有了矛盾，遂放松了对张献忠残部的追剿，这给了大伤元气的张献忠宝贵的喘息之机。
九月十一日，杨嗣昌乘坐大船来到巫山城外，船泊江边，没有上岸，只停了一晚，准备继续西行。
在川东投降的各营农民军中，杨嗣昌最重视的是王光恩这一营。他在大船上特予接见。
“你知道张献忠部的情况吗？”杨嗣昌问道。
“张献忠部在玛瑙山大败，如果官军能紧追不放，彻底剿灭大有希望。”王光恩恭敬地回答。
杨嗣昌接着问道:“李自成在何处？”
“自从舍弟光良在竹山境内同李自成见面后，只知他向西北逃走，可能潜伏在陕西和湖广交界的地方。”
“可有招降希望？”杨嗣昌问道，如果他能招李自成投降，就可以为朝廷除一隐患了。
王光恩回答：“末将深知李贼秉性脾气与他人不同。他不管如何挫败总不灰心。招他投降很难啊！”
“既然李贼顽固不化，那就待剿灭献贼之后，再分兵把他消灭。你在郧阳一带驻扎，万勿大意。务要多派奸细，侦伺他的下落，提防他突然窜出，攻破城池。”杨嗣昌交代道。
接见了王光恩之后，杨嗣昌就在大船上批阅公文。他感到现在剿匪形势一片大好，立即给左良玉发了一道急令：“追！速剿张匪！”
杨大学士大力号召左良玉宜将剩勇追穷寇，发扬连续作战精神，务必一次性解决张献忠。
但左良玉部闻令却没动弹。
没动弹的原因，一来是左良玉因为杨嗣昌私下许诺将他的平贼将军头衔准备给另一位大将贺人龙，而对杨嗣昌心生不满。
二来是张献忠派白文选送了大笔银钱给左良玉，并讲了一通“狡兔死，走狗烹”的朴实道理。
左良玉联系了一下自身纵容士兵抢劫存在的问题，决定给张献忠一条生路，也给自